새 변종은 조류독감처럼 인플루엔자 바이러스 A(H1N1 아형)의 일부와 돼지 인플루엔자의 두 변종의 일부에서 파생되었다. 4월 세계보건기구와 미국 질병 관리본부(CDC)는 새로운 변종에 대해 심각한 우려를 표했는데, 이는 외관상으로 인간 대 인간으로 쉽게 전파되며, 독감 대유행의 가능성이 있기 때문이었다.
2009년 4월 25일에 세계 보건 기구는 "임상적 특징, 역학적, 보고된 사례와 믿을 수 있는 결과에 대한 바이러스학"에 관한 지식 부족으로 인해 국제적 건강 위기를 선포했다. 세계의 보건국들은 사태에 대한 주의를 표하고 사태를 면밀히 주시하고 있다.
2009년 4월 26일부터 2009년 5월 6일까지 멕시코시티의 학교들은 휴교를 하였고 미국의 여러 다른 학교와 학군들은 학생에서의 인플루엔자 감염 사례로 인해 휴교를 하기도 했다. 그로 인하여 많은 미국 학교들은 몇 주 동안 독감의 전파를 막기 위해 몇 주 정도 휴교하기로 결정했다.
본래 2009년 4월 사태가 본격화되기 시작할 무렵, 이 병을 부르는 명칭은 조류 독감과 대비되는 돼지 독감, 돼지 인플루엔자 또는 SI가 널리 통용되었다. 하지만 돼지가 역학 관계상 어떠한 역할을 하는지 명확히 밝혀지지 않은 상태에서 이러한 명칭을 사용하는 것은 크게 문제가 있다는 시각이 전세계적으로 있었다.
이에 세계보건기구는 돼지와의 연관관계를 알 수 없다고 보고, 이 병의 명칭을 H1N1 인플루엔자 A라고 결정하였다. 하지만 학계는 돼지와 관련성이 명백히 존재한다며 이러한 주장에 반대하고 있다. 한편, 대한민국에서는 WHO의 결정 이후, 정식 명칭 이외에도 편의상 신종 인플루엔자 혹은 신종 플루라고 부르기로 하였으며, 언론 등에서도 이 명칭을 따르고 있다.
2009년 8월말 현재 세계 각 국의 이 질병 감염자 및 사망자는 감염환자가 129여개국에서 260,000명이 넘어섰으며, 감염에 의해 죽은 사망자는 20여개국에서 2,900명이 넘었다.
한편 홍콩에서는 신종 플루 치료에 쓰이는 항바이러스제인 타미플루에 내성을 보이는 환자가 처음 확인됐다. 홍콩 위생서는 지난 6월 11일 미국 샌프란시스코에서 귀국한 16세 소녀에게서 타미플루 내성 바이러스가 검출됐다고 7월 4일 발표했다.
현재 대한민국에서는 4,000명 이상이 감염되었고, 7명은 입원 치료 하고 있으며, 3명이 합병증으로 사망하였다.
2009년 8월 21일 보건복지가족부 질병관리본부는 서울·부산·대구·충남·충북·전남·전북·경남·경북·제주 등 16개 지역에 거점약국 567곳과 거점치료병원 455곳 등 총 1,000여곳을 지정했다. 이와 함께 전국의 치료 거점병원과 거점약국을 공시하였다.
대한민국에서 해외에 다녀온 학생들은 1주일간 등교가 금지되고, 해외에 다녀온 직업인들은 1주일간 출퇴근이 금지된다.
